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La recherche sur projet est le plus souvent réalisée dans le cadre de contrats de recherche signés avec des partenaires extérieurs. En 2009, l'UPMC s’est engagée dans 70 nouvelles collaborations de recherche avec des entreprises. Au cours de la même année, une soixantaine de projets partenariaux ont été financés par l'Etat à travers le Fonds unique interministériel (FUI) ou par l'ANR. Si ces projets impliquent en majorité des laboratoires d’ingénierie, les 4 pôles de recherche de l’UPMC sont concernés. Associations et fondations collaborent aussi avec des équipes de l'université, par exemple autour de recherches menées sur les maladies rares ou de l'expédition Tara Océans.
Grâce à un endomicroscope robotisé capable d'explorer la cavité abdominale, Persée poursuit l'objectif d'améliorer les diagnostics de patients atteints de cancers. En mai 2010, ce projet porté par l'entreprise Mauna Kea Technologies
et auquel participe l'Institut des systèmes intelligents et de robotique ...
