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Laboratoire d'océanographie microbienne (LOMIC) - UMR 7621

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Coordination du pôle Terre vivante et environnement :


- Sébastien Duperron 
- Julien Gasparini
- Marie-Noëlle Houssais
- Chrystèle Sanloup

Terre vivante et environnement

  • 840 enseignants-chercheurs et chercheurs
  • 740 personnels d'appui à la recherche
  • 520 doctorants
  • 22 unités de recherche
  • 3 écoles doctorales

Laboratoire d'océanographie microbienne (LOMIC) - UMR 7621

L’objectif général du LOMIC est d’étudier les interactions réciproques entre un milieu changeant et varié, l’océan, et les micro-organismes qui l’habitent.

 Ces études sont menées pour :

 1) Identifier les principaux acteurs et quantifier les processus clef qui déterminent les propriétés biogéochimiques de l’océan.

 2) Comprendre le lien entre la diversité des communautés de micro-organismes, les fonctions/activités  métaboliques, et les caractéristiques de l’environnement.

 3) Comprendre le lien entre la physiologie des micro-organismes et leur environnement.

 4) Développer des produits biotechnologiques issus des micro-organismes et des outils pour la détection de micro-organismes en particuliers pathogènes ou toxiques.

Dans cette page

Activités de recherche

Les activités de recherche sont centrées sur l’étude, des cycles biogéochimiques dans l’océan, de la biodiversite et de la fonction des microorganismes dans l’environnement marin, la compréhension mécanistique de l’interaction entre microorganismes et parametres environnementaux. Le LOMIC développe également des applications biotechnologique en forte interaction avec le monde industriel.

Mots-clés

Océanographie, biodiversité, cycles biogéochimques, modèles marins, physiologie des microalques, bacteries

Equipes et thématiques de recherche

Equipe Fonctions et réponses des microorganismes en biogéochimie marine.

Les recherché menées dans l’équipe réponses et fonctions des microorganismes en biogéochimie marine ont pour objectif de mieux comprendre 1) comment les frçcages environnementaux tels que les radiations UV ou les contaminants affectent les microorganismesar 2) comment les microorganismes au travers de leur fonctions spécifiques affectent les cycles biogéochimiques des élements majeurs comme C, N et P ou de  l’element trace fer.

Equipe Biodiversité et biotechnologie microbiennes

L’équipe Biodiversité et biotechnologie microbiennes conduit des recherches en relation avec l’étude de la biodiversité microbienne et qui visent à mieux comprendre son rôle dans l’environnement, à étudier ses effets sur la biosphère, à exploiter les fonctionnalités des micro-organismes pour des applications industrielles liées à la santé publique ou à l’environnement. Une attention particulière est donnée aux micro-organismes marins et à l’utilisation d’approches basées sur des techniques de biologie moléculaire. Les membres de l’équipe possèdent des domaines d’expertise variés et complémentaires sur les micro-organismes (eucaryotes et procaryotes) qui permettent de développer de nombreuses collaborations avec les autres équipes du LOMIC .

Equipe Mixte de Recherche Pierre Fabre

Les molécules synthétisées par les bactéries marines sont particulièrement prometteuses en terme de diversité, d’efficacité et d’originalité, car ces organismes sont issus de plus de 3 milliards d’années de sélection naturelle. Certaines de leurs fonctions, comme l’élimination des radicaux libres générés par le stress, la protection contre les radiations ultra-violettes, ou la lutte contre les prédateurs sont d’un intérêt majeur pour les domaines de la dermo-cosmétique (anti-rides, écrans solaires…) et de la médecine (antibiotiques, anti-cancéreux…).

L’Équipe Mixte de Recherche contribue à une meilleure connaissance de la biodiversité des micro-organismes marins. Elle étudie plus particulièrement les propriétés des bactéries marines (résistance aux UVs, production d’anti-microbiens, de métabolites secondaires…) et des bio-molécules qu'elles produisent. Dans le cadre du partenariat avec le groupe Pierre Fabre, elle explore la souchothèque MOLA de l'Observatoire en utilisant des approches basées sur la réponse des bactéries à différents stress ou sur l’étude de leur génome afin de sélectionner les bactéries à fort potentiel de valorisation. Elle développe des méthodologies permettant de produire des extraits pharmacologiquement actifs à partir de biomasse. Ces extraits seront ensuite destinés aux différents laboratoires de recherche du groupe Pierre abre.

 

Equipe biologie systémique des réponses environmentales :

L’objectif de l’équipe de biologie systémique des réponses environnementales est de comprendre comment les cellules de phytoplanctons optimisent l’utilisation de facteurs abiotiques (lumière , nutriment) qui sont critiques pour leur croissance. Lesétudes sont focalisées sur le rôle de l’horloge circadienne. Deux questions principales sont étudiées :

1) Comment les cellules photosynthétiques suivent elles les fluctuations jour nuit dans un environnement lumineux très changeant.

2) Quel est l’avantage d’avoir une horloge pour un cellule phytoplanctonique

Pour traiter ces question, l’équipe utilise le modèle Ostreococcus en combinat de la génomique fonctionnelle (génétique moléculaire, transcriptomique, protéomique) et des approches de modélisation. Ces outils sont aussi utilisés pour des applications biotechnologiques.

Projets en cours

Voir site web du laboratoire : http://lomic.obs-banyuls.fr/Nouvelle fenêtre

Avancées scientifiques, résultats marquants

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Ecoles doctorales
Partenariats scientifiques
Partenariats industriels

Partenariat avec Pierre Fabre formalise dans le cadre de l’équipe mixte de recherché.

 

VEOLIA and EDF -industrial partnership. Development of ultra sensitive tools for rapid detection of indicators and pathogens in aquatic environment. J Baudart and P Lebaron in collaborations with Karine Delabre (Véolia), and M. Binet and A. Touron-Bodolis (EDF).

Principaux équipements

Voir site web du laboratoire : http://lomic.obs-banyuls.fr/Nouvelle fenêtre

 

Principales publications

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Coordonnées
Coordonnées
Directeur
JOUX Fabien
04 68 88 73 44
dirumr7621@obs-banyuls.fr
Adresse physique
LOMIC
avenue Pierre Fabre
66750 Banyuls sur mer

Courriel du laboratoire
dirumr7621@obs-banyuls.fr

Site web
http://lomic.obs-banyuls.fr/
Adresse postale
LOMIC
avenue Pierre Fabre
66750 Banyuls sur mer

Contact communication
SANZ Frédérique
04 68 88 73 01
frederique.sanz@obs-banyuls.fr
Contact administratif
SANZ Frédérique
04 68 88 73 01
frederique.sanz@obs-banyuls.fr


Effectifs
Enseignants-chercheurs :
9

Chercheurs :
8

Personnels d'appui à la recherche :
14

Post-doctorants :
5

Doctorants :
7

Surface :




06/10/16